De acuerdo con el Decreto Legislativo N° 43 y el Estatuto de Petroperú, la organización, dirección y administración de Petroperú están a cargo de la Junta General de Accionistas, el Directorio y la Gerencia General.
El Estado Peruano, como único accionista, está representado en la Junta General de Accionistas por cinco miembros, conforme a lo establecido en el Decreto Supremo Nº 014-2018-EM y sus modificaciones, y está compuesto de la siguiente manera:
Cada integrante de la Junta General de Accionistas representa el 20% del total de las acciones suscritas y pagadas.
Asimismo, contamos con el Reglamento de Régimen Interno de Organización y Funcionamiento de Junta de Accionistas, el cual detalla los derechos y responsabilidades del Accionista.